El agua es un recurso renovable, indispensable para toda vida sin embargo al llegar a un grado tan elevado de contaminación, ésta ya no resulta útil, sino más bien nociva para todo organismo y su uso ya no es factible.
En todo tipo de comunidades, la contaminación del agua se produce principalmente por los desechos de los hogares, de los establecimientos comerciales e industriales, por la actividad agrícola y por toda clase de basura producida por la actividad humana. La materia orgánica, como restos de alimentos y animales, aceites, detergentes, pinturas, y más, es altamente contaminante, éstos propician el desarrollo de algas, las cuales generan la reproducción de bacterias que van consumiendo el oxígeno que hay en el agua, acabando con toda la vida acuática que habita en las zonas afectadas.
En las comunidades rurales, el reducido presupuesto municipal y la falta de inversión e incluso de interés en el desarrollo de estas zonas, ha impedido la creación de infraestructura que ayude a terminar con el cada vez más creciente problema de contaminación del agua; la falta de drenajes, colectores, plantas de tratamiento de aguas residuales o algún otro sistema dedicado a la limpieza del agua, da como resultado una descarga directa de agua contaminada a los ríos o cuerpos de agua cercanos, convirtiéndolos en focos de infección para el ser humano. A este problema se le suma el crecimiento demográfico acelerado que produce una demanda cada vez mayor de agua, por lo tanto, la contaminación es cada vez grande y el agua es cada vez menos.
En su mayoría las comunidades rurales no cuentan con sistemas adecuados de tratamiento de sus aguas, esto es en consecuencia a la falta de tecnologías que sean de bajo costo tanto en inversión como en operación y mantenimiento, por ello es necesario implementar tecnologías viables y económicamente factibles para el tratamiento de aguas residuales, tal como lo es la Tecnología de lodos activados en oxidación total en sistema secuencial (LAOTSS).
Y aunque la inversión en este tipo de infraestructura de plantas de tratamiento de agua puede ser en inicio costosa, el costo de recuperación es mayor, el agua se reúsa, el consumo de agua disminuye, la comunidad está más limpia al igual que los mantos acuíferos, y las enfermedades que son producto de aguas contaminadas disminuyen notablemente.
Sólo una pequeña parte del drenaje municipal se somete a un tratamiento adecuado. Hasta la fecha las autoridades no han progresado mucho en la instalación de plantas para el tratamiento de aguas residuales ni en la adopción de tecnologías más eficientes y limpias, por consecuencia, la descarga de aguas residuales permanece en gran medida sin tratamiento alguno.